Na področju genomike in transkriptomike je v letu 2013 IC Mycosmo postal pomemben center, v okviru katerega smo pridobili podatke o prvih genomskih zaporedjih evkariontskih organizmov v državi. Tudi danes je še vedno to eden od redkih slovenskih centrov, ki razpolaga z lastnimi zaporedji evkariontskih genomov in ki ima hkrati potrebno znanje za njihovo analizo. Posebnost podatkov, pridobljenih v okviru IC Mycosmo, je v tem, da gre za genomske podatke halofilnih/ekstremno halotolerantnih gliv, kar je edinstveno ne le v slovenskem, temveč tudi v svetovnem merilu. Tako znanje kot podatki so v okviru IC na voljo zunanjim uporabnikom.

1. Genom ekstremno halotolerantne črne kvasovke Hortaea werneckii. Sodelovanje s kanadskimi znanstveniki z Univerze UBC in kanadskim centrom za genomiko GSC. Določeno genomsko zaporedje črne kvasovke Hortaea werneckii je obenem tudi prva na sol odporna gliva kvasovka z znanim genomom v svetovnem merilu.

2. Genom obligatno halofilne glive Wallemia ichthyophaga, najdene v Sečoveljskih solinah. Sodelovanje z znanstveniki kitajskega inštituta BGI.

3. Genomi štirih varietet črne kvasovke Aureobasidium pullulans, ki so bili osamljeni iz različnih okolij po svetu (http://www.jgi.doe.gov/News/news_10_10_04.html). Sodelovanje z Joint Genome Institute (JGI) v okviru ameriške Agencije za energijo.

 

Reference:

1. LENASSI, Metka, GOSTINČAR, Cene, JACKMAN, Shaun, TURK, Martina, SADOWSKI, Ivan, NISLOW, Corey, GUNDE-CIMERMAN, Nina, PLEMENITAŠ, Ana, et al. Whole genome duplication and enrichment of metal cation transporters revealed by De Novo genome sequencing of extremely halotolerant black yeast Hortaea werneckii. PloS one, ISSN 1932-6203, Aug. 2013, vol. 8, iss. 8. http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0071328, doi: 10.1371/journal.pone.0071328. [COBISS.SI-ID 30761177]

2. ZAJC, Janja, LIU, Yongfeng, DAI, Wenkui, YANG, Zhenyu, HU, Jingzhi, GOSTINČAR, Cene, GUNDE-CIMERMAN, Nina. Genome and transcriptome sequencing of the halophilic fungus Wallemia ichthyophaga : haloadaptations present and absent. BMC genomics, ISSN 1471-2164, 2013, vol. 14, str. [1-20], 617. http://www.biomedcentral.com/1471-2164/14/617/, doi: 10.1186/1471-2164-14-617. [COBISS.SI-ID 2916687]