Mycosmo

O zbirki

Glavna naloga mikrobiološke zbirke je, da povečuje število identificiranih sevov mikroorganizmov, shranjenih na genetsko stabilen način, tako z izolacijo mikroorganizmov iz izbranih habitatov, kot tudi z izmenjavo z drugimi podobnimi inštitucijami.

Mikrobiološka zbirka Ex je ena redkih genskih bank na svetu, ki se je specializirala za izolacijo in shranjevanje evkariontskih ekstremofilnih mikroorganizmov. Število shranjenih sevov je v začetku leta 2014 preseglo 9000. Zbirka je rezultat mnogih let vzorčenja ekstremno slanih okolij (različne soline in slana jezera), ekstremno hladnih okolij (ledeniki, morska voda, sneg), velikih morskih globin, vročih puščav, okolice gejzirjev in iz s hranili ekstremno revnih okolij (kamnine, voda). Tem naravnim ekstremnim okoljem so se v letu 2011 pridružila še ekstremna okolja naših domov, predvsem različnih gospodinjskih aparatov, ki jih naseljujejo poliekstremofilne/poliekstremotolerantne in potencialno patogene glive.

Večino izolatov mikrobiološke zbirke Ex predstavljajo ekstremofilne glive, zaradi česar je zbirka edinstvena v svetovnem merilu. Z možnostjo naročanja že shranjenih ekstremofilnih gliv se lahko uporabniki zbirke izognejo znatnim stroškom izolacije in specialističnemu znanju, ki je potrebno za njihovo identifikacijo.

Poleg gliv so v zbirki shranjeni tudi ekstremofilni bakterijski in arhejski sevi ter alge. Shranjene kulture so namenjene raziskovanju in presevnim testom po naročilu, pomembne so za pedagoške namene, kot referenčni ter tipski sevi.

Zgodovina

Mikrobiološka zbirka  Ex je bila ustanovljena leta 1998 v Skupini za biologijo mikroorganizmov Katedre za molekularno genetiko in biologijo mikroorganizmov Oddelka za biologijo Biotehniške fakultete Univerze v Ljubljani. Leta 2008 je mikrobiološka zbirka prevzela večino izolatov Mikrobiološke zbirke Kemijskega inštituta (MZKI), nastarejše slovenske mikrobiološke zbirke, ki je takrat znatno omejila obseg delovanja.

Tehnična opremljenost

Mikrobiološka zbirka Ex je opremljena za za izolacijo in gojenje gliv ter aerobnih in anaerobnih bakterij v čisti kulturi in tudi za shranjevanje le-teh na genetsko stabilen način. Gojenju mikroorganimov so namenjene inkubacijske komore za gojenje pri različnih temperaturah, anaerobni lonci in anaerobna komora, stresalniki in zaščitne mikrobiološke komore. Shranjevanju mikroorganizmov so namenjene zamrzovalne skrinje pri –80 °C, predvsem pa različne Dewarjeve posode za shranjevanje v tekočem dušiku pri –196 °C in v njegovih parah pri -140 °C. Mikroorganizme v mikrobiološki zbirki shranjujemo tudi v liofilizirani obliki, pod sterilnim parafinskim oljem in na granulah silikagela. Taksonomska identifikacija izolatov na podlagi morfologije poteka s pomočjo različnih svetlobnih mikroskopov in programske opreme za obdelavo slik in z elektronsko mikroskopijo (TEM, SEM). Za molekularno identifikacijo imamo v zbirki na razpolago aparature za izolacijo DNA, verižno reakcijo s polimerazo (PCR) in različne elektroforeze. Druga oprema, ki mogoča tudi preučevanje molekularnih mehanizmov adaptacij na ekstremne pogoje, je UV-VIS spektrofotometer, več elektroforez za analizo DNA in proteinov, UV sistem za dokumentacijo gelov, različne centrifuge in gelska elektroforeza v pulzirajočem električnem polju (PFGE). Za analize genomskih in transkriptomskih podatkov je v uporabi namenski zmogljiv računalnik z operacijskim sistemom BioLinux in ustrezno dodatno programsko opremo.

Pedagoška dejavnost

IC Mycosmo sodeluje v vzgojno-izobraževalnem procesu UL. Študenti se na predavanjih in praktičnih vajah seznanijo s pomenom in delovanjem mikrobioloških zbirk in spoznavajo različne mikroorganizme. Občasno IC Mycosmo organizira tudi tečaje s tega področja za srednješolske učitelje biologije in kemije ter druge interesente.

Iz tematike ekstremofilnih raziskav je (od 1998 do 2014) diplomiralo že 52 študentov mikrobiologije in biologije, štirje so magistrirali, doktoriralo pa je 15 podiplomskih študentov.

Raziskovalna dognanja se prenašajo tudi v pedagoško prakso, saj sodelavci IC Mycosmo aktivno sodelujejo na dodiplomskem (BF, MF) in podiplomskem izobraževanju (Biomedicina, podiplomski študij Bioznanosti na BF UL).